Wdrożenie systemu ERP ² jest operacją wymagająca czasu i dużego zaangażowania. W trakcie przeprowadzania tej operacji występuje cały szereg problemów. Można wyłonić 3 główne kategorie. Najczęściej spotykane trudności wiążą się z wydłużającym się okresem wdrożenia. Zdarza się, że wdrożenie które miało trwać trzy miesiące trwa ponad rok i nadal nie jest zakończone. Na takie trudności skazane są firmy które wybrały nierzetelnego dostawce systemu. Trzeba podchodzić z rezerwą do deklaracji o bardzo krótkim czasie wdrożenia. Najczęściej są to tylko puste słowa. Kolejne problemy generować może wybór nieodpowiedniej aplikacji. Czasem zdarza się, że przeszacowane zostają możliwości firmy. Zamawiany jest wtedy kosztowny system ERP który w finale wykorzystywany będzie w niewielu procentach. Za duże aplikacje zaburzają również sposób funkcjonowania przedsiębiorstwa. Źródłem problemów może być również niedostosowanie organizacyjne przedsiębiorstwa. Zbyt mały udział we wdrożeniu kadry zarządzającej bardzo utrudnia ten proces. Bywa,że nadzór nad pracami prowadzi osoba która nie ma zbyt wielkiego pojęcia nad o specyfice firmy. Ma to często związek z niskim priorytetem nadawanym przedsięwzięciu. Oczywiście skutkuje to tym, że system ERP nie działa w sposób skuteczny i efektywny.